“She loves Santa so much. I just didn’t have the heart to tell her that the presents really come from her parents.” 

「彼女があまりにもサンタのこと大好きだから、本当は親がプレゼントを用意しているってどうしても言えなかった。」

“I don’t have space for all these paintings my grandmother made, but I just don’t have the heart to get rid of them.” 

「お祖母ちゃんが描いた絵を置く場所はないんだけど、捨てるのはあまりにも心が痛む。」

I didn’t have the heart to do itとはつまり罪悪感でできなかったという意味です。

必要なことですが誰かを傷つけてしまうような、心が痛むような行為によく使います。

When you couldn’t do something because you felt bad about it, you can say that you “didn’t have the heart to” do it.

This phrase is often used for actions that may be necessary but could also hurt someone.